Multi-ômicas
A instalação Multi-ômicas reúne as unidades laboratoriais SEQ- Sequenciamento de ácido nucleicos em larga escala e a unidade laboratorial MET-Metabolômica. A unidade SEQ disponibiliza acesso a equipamentos de última geração para o sequenciamento em larga escala de ácidos nucleicos (DNA/RNA), diponibilizando abordagens para sequenciamento de fragmentos curtos (short- reads) e fragmentos longos (long-reads). A unidade MET é dedicada à análise de metabólitos em amostras biológicas complexas, utilizando espectrometria de massas acoplada à cromatografia líquida ou gasosa. A metabolômica oferece uma visão abrangente do metabolismo dos organismos através da análise comparativa de perfis metabólicos entre indivíduos e/ou populações sujeitos às diferentes condições genéticas, ambientais ou patológicas.
Principais competências e técnicas experimentais
Unidade Laboratorial SEQ
- Sequenciamento de Metagenomas e Metatranscriptomas de amostras ambientais complexas.
- Sequenciamento de Amplicons, incluindo marcadores moleculares como 16S rDNA (Procariotos) e região intergênica ITS (Eucariotos).
- Sequenciamento Completo de Genomas e Transcriptomas (Whole genome e RNA-seq Stranded) de microrganismos como fungos filamentosos, bactérias, leveduras e de plantas.
A partir de 2025, instalação passa a disponibilizar aos usuários plataformas tecnológicas que permitem a leitura direta de longas sequências de DNA (Long reads) com alta precisão, utilizando os sequenciadores PacBio Sequel IIe (PacBio) e minION Mk1C (ONT).
Atualmente, a unidade laboratorial (SEQ) disponibiliza dois sequenciadores de alta performance com tecnologia de segunda geração (short-reads) para o sequenciamento em larga escala de ácidos nucleicos: os modelos Illumina MiSeq e NextSeq 2000. Complementando essa infraestrutura, a unidade também conta com tecnologias de terceira geração (long-reads), como PacBio e Oxford Nanopore Technologies (ONT), que permitem a análise detalhada de regiões genômicas complexas e repetitivas.
A instalação é apoiada por uma equipe altamente qualificada e especializada, que oferece suporte aos usuários. Desde o planejamento experimental e o preparo das amostras até o processo final de sequenciamento, garantindo monitoramento rigoroso em todas as etapas do processo.
Em caso de dúvidas sobre as técnicas disponíveis na unidade laboratorial SEQ entre em contato a coordenação do laboratório pelo e-mail ngs@lnbr.cnpem.br.
NOTA: Antes da submissão da proposta recomenda-se entrar em contato com o coordenador da unidade para entendimento prévio dos insumos e reagentes necessários para cada experimento de interesse.
Unidade Laboratorial MET
- LC-MS/MS – Waters Synapt XS (Q-IM-ToF): quantificação relativa e anotação de metabólitos primários e secundários de média a alta polaridade de massa molecular até 1200 Da.
- GC-MS/MS – Agilent 7010C (QqQ): quantificação e identificação de metabólitos de baixa e média polaridade como terpenos, ácidos graxos, lipídeos, hidrocarbonetos, compostos fenólicos, ésteres e voláteis em geral.
A unidade laboratorial MET é composta de dois espectrômetros de massas acoplados à cromatografia líquida ou gasosa. O sistema GC-MS/MS tem analisador de massas do tipo triplo quadrupolo, (Agilent 7010C (QqQ)), destinado à análise e quantificação de metabolitos voláteis. O sistema LC-MS/MS é composto por um analisador quadrupolo seguido de mobilidade iônica e tempo de vôo (Waters Synapt XS (Q-IM-ToF)), utilizado para anotação e quantificação relativa de moléculas de média a alta polaridade.
Em caso de dúvidas sobre as técnicas disponíveis na unidade laboratorial MET entre em contato a coordenação da unidade pelo e-mail metabolomica@lnbr.cnpem.br.